基于深度学习的像差补偿提高显微镜的对比度和分辨率深度衰减是生物学家非常熟悉的一个问题: 观察样本越深,图像就越模糊。一个蠕虫胚胎或一块组织可能只有几十微米厚,但当显微镜仪器探查到顶层之外时,光线的弯曲会导致显微镜图像失去清晰度。 为了解决这个问题,显微镜学家在现有的显微镜上增加了一些技术,以消除这些扭曲。但这种被称为自适应光学的技术需要时间、资金和专业知识,因此能使用这种技术的生物实验室相对较少。 现在,HHMI Janelia 研究园区的研究人员与合作者开发出了一种方法,可以进行类似的校正,但不需要使用自适应光学技术,不需要添加额外的硬件,也不需要拍摄更多的图像。来自 Shroff 实验室的一个团队开发出了一种新的人工智能方法,可以在厚厚的生物样本中生成清晰的显微镜图像。 论文发表在《自然·通讯》(Nature Communications)杂志上。 基于深度学习的像差补偿的概念和模拟 为了创造这项新技术,研究小组首先想出了一种方法,为显微镜深入均匀样本成像时图像如何退化建立模型。然后,他们将模型应用于同一样本未退化的近侧图像,使这些清晰的图像变得与更深的图像一样扭曲。然后,他们训练了一个神经网络来扭转整个样本的失真,从而在样本的整个深度获得清晰的图像。 这种方法不仅能生成更好看的图像,还能让研究小组更精确地计算蠕虫胚胎中的细胞数量,追踪整个小鼠胚胎中的血管和血管束,并检查小鼠肝脏和心脏碎片中的线粒体。 这种基于深度学习的新方法不需要任何设备,只需要一台标准显微镜、一台带显卡的计算机和一个关于如何运行计算机代码的简短教程,因此比传统的自适应光学技术更容易获得。 Shroff 实验室已经在使用这项新技术为蠕虫胚胎成像,该团队计划进一步开发该模型,使其对样本结构的依赖性降低,这样新方法就能应用于不太均匀的样本。 分享到:
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